油菜菌核病是一種氣候性病害，最終發生程度受花期及結莢期降水影響較大，關鍵是做好田間管理和適期防治工作。
1、重視農業防治，加強田間管理，開好“三溝”，做好溝溝相通，確保田間明水能排，暗水能濾，降低田間濕度，提高油菜根系活力，增強植株抗逆性。適時摘除病、老、黃葉，油菜盛花期、終花期各摘一次，帶出田外銷毀，降低病株再浸染機率。
2、適期化學防治：切實把好藥劑防治“三關”，即防治適期關、防治次數關和對路藥劑關。對3月中旬油菜盛花初期（一次分枝開花枝率20%左右）開始第一次用藥防治；3月下旬盛花期（二次分枝開花枝率30%左右）進行第二次防治。
藥劑防治：（1）、25%咪鮮胺60毫升
（2）、36%多菌靈.三唑酮懸浮劑120克
（3）、40%菌核凈可濕粉100克
以上配方任取一種，兌水30升/畝+硼肥半斤/畝進行莖葉噴霧。